Dès juin, des vaches laitières de l’Est de la France se sont mises à avoir de la fièvre, à bouder leur ration et à donner nettement moins de lait. Le coupable, démasqué fin juillet, portait un nom que peu d’éleveurs connaissaient : le virus Shamonda, un orthobunyavirus connu en Afrique, transmis par les mêmes moucherons que la fièvre catarrhale. Le 22 octobre 2026, il a fait les gros titres pour une autre raison. Un premier cas humain, chez un patient très immunodéprimé soigné à Lyon et mort début octobre.
Pour un éleveur, le cœur du sujet reste l’étable. La plupart des vaches malades cet été s’en sont remises. Celles qui étaient pleines pourraient, elles, réserver de mauvaises surprises aux vêlages. D’où cinq réflexes à prendre dès maintenant : appeler le vétérinaire à la première fièvre, déclarer chaque avortement, faire chercher le virus si besoin, noter les ratés de reproduction et limiter les piqûres.
Virus Shamonda : un orthobunyavirus connu en Afrique, repéré en Europe à l’été 2026
Pour la science, ce virus n’a rien de neuf. Décrit au Nigeria au milieu des années 1960, il a été signalé de loin en loin en Afrique de l’Ouest, de l’Est et australe, ainsi qu’au Japon. Jamais en Europe. À l’été 2026, il apparaît d’un coup en Allemagne, en Suisse et en France, selon le ministère de l’Agriculture.
L’enquête a pris du temps. En juin, en pleine canicule, des diarrhées aiguës frappent des troupeaux du Doubs, de l’Ain et des deux Savoie. On soupçonne d’abord la chaleur, raconte l’INRAE, et les analyses ciblées reviennent négatives. Fin juillet, des prélèvements partent à l’École nationale vétérinaire de Toulouse, qui séquence tout le matériel génétique présent dans le sang des vaches malades. Et tombe sur un virus du sérogroupe Simbu, cousin de celui de Schmallenberg.
Publiée le 20 août dans la revue européenne Eurosurveillance, la découverte intrigue : l’un des trois segments du génome ne ressemble pas à la souche nigériane, signe d’une forte mutation ou d’un mélange entre virus. Un test PCR a suivi, et des kits commerciaux étaient prêts deux semaines plus tard.
Deux variants circulent, que l’agence autrichienne AGES nomme SHAV-EU1 (plutôt en Europe centrale) et SHAV-EU2 (plutôt au nord). La carte s’est vite remplie : 22 départements en septembre, d’après une question écrite à l’Assemblée nationale, puis 52 départements au 19 octobre selon la plateforme d’épidémiosurveillance ESA, citée par Web-agri. Au moins dix pays européens l’ont signalé, du Portugal à l’Autriche.
Faut-il s’affoler ? Non. Le ministère juge l’impact « faible » à ce stade, sans comparaison avec la dermatose nodulaire contagieuse. Mais faible ne veut pas dire nul. Surtout pour les vaches pleines.
Bovins, moutons, chevaux : qui peut l’attraper, et comment
Les bovins sont les hôtes principaux. Les petits ruminants peuvent aussi être infectés, les équidés et les alpagas plus rarement : des cas sporadiques chez des petits ruminants et des chevaux ont été identifiés cet été en France, précise le ministère.
Le virus Shamonda voyage avec les culicoïdes, ces minuscules moucherons piqueurs qui transmettent déjà la fièvre catarrhale ovine (FCO) et la maladie hémorragique épizootique (MHE). Légers, ils se laissent porter par le vent. D’où une progression « en tache d’huile », décrite par le GDS du Cantal, que les mouvements d’animaux accélèrent.
Pas de contagion directe notable d’une vache à l’autre : le ministère n’en a aucune preuve. Une exception, et elle est de taille. La mère infectée peut transmettre le virus à son fœtus pendant la gestation, et c’est ce qui inquiète les vétérinaires.
Côté chevaux, la prudence domine. Le virus a été retrouvé dans le cerveau de quatre chevaux morts en Suisse et dans l’Hérault, après des signes neurologiques, rapporte Réussir, sans lien de cause à effet établi. L’AGES note qu’aucun cheval vivant n’a encore été trouvé porteur, et range le virus Shamonda parmi les causes possibles d’encéphalite, à côté du virus du Nil occidental chez le cheval. Un alpaga a aussi été trouvé positif.
Chez la vache : fièvre, chute de lait, diarrhée, puis souvent plus rien
La phase aiguë passe facilement pour un coup de chaleur. Fièvre, baisse de la production laitière, diarrhée : le ministère parle de signes « discrets », le plus souvent passagers. Sur le terrain, le tableau peut être plus franc. Le GDS du Cantal décrit une forte fièvre, de l’abattement et une chute brutale du lait, le tout sur « une petite semaine » par animal.
Ce qui frappe, c’est le nombre de bêtes touchées en même temps. Un tiers du troupeau peut tomber malade la première semaine, et jusqu’à 70 % ensuite, d’après ce GDS cité par Pleinchamp. La diarrhée n’a rien de systématique : 20 % des animaux seulement en avaient dans le premier foyer cantalien. Les laitières sont les plus diagnostiquées, le lait de tank offrant une surveillance fine. Les allaitantes en estive ont pu passer sous les radars.
Aucun antiviral n’existe. Le ministère recommande d’appeler votre vétérinaire dès ces symptômes, pendant la saison des moucherons, pour un traitement dit « symptomatique ». Le GDS du Cantal conseille de prendre la température chaque jour et de traiter vite les fiévreuses avec des anti-inflammatoires prescrits (jamais de cortisone à une vache gestante).
Bref, la plupart des vaches s’en remettent en quelques jours ou quelques semaines. Le piège est ailleurs.
Avortements bovins et veaux malformés : la facture arrive plus tard
Une vache contaminée pendant sa gestation peut passer le virus à son veau. Le ministère évoque, au conditionnel, des avortements et « d’importantes malformations fœtales », comme avec la maladie de Schmallenberg. Un laboratoire toulousain a d’ailleurs reçu, selon le GDS du Cantal, de nombreux avortons dont l’encéphale contenait le virus. Il franchit donc le placenta, même si d’autres causes d’avortement restent possibles.
Le calendrier compte. D’après le GDS du Cantal, les avortements surviennent environ quatre semaines après la phase aiguë, vers quatre à six mois de gestation, avec parfois des fœtus momifiés ; certains éleveurs trouvent aussi des vaches vides à l’échographie. Pour les malformations, on raisonne par analogie avec Schmallenberg : l’AGES situe la période sensible de ces virus entre le 75e et le 175e jour de gestation chez la vache, entre le 30e et le 50e chez la brebis. Les petits atteints (membres bloqués, tête déformée) naissent alors en hiver ou au printemps. Reste à vérifier que le virus Shamonda suit ce schéma.
Chez les moutons, les premiers signaux vont dans ce sens. Un foyer ovin a été confirmé dans l’Oise, avec des agneaux atteints d’arthrogrypose (articulations figées) et de brachygnathie (mâchoire trop courte), selon la plateforme ESA reprise par Réussir. Un éleveur de l’Aveyron a décrit des agneaux semblables. C’est trop peu pour conclure. Mais si des agneaux naissent faibles cet hiver, mieux vaut savoir élever un agneau au biberon.
Le précédent de Schmallenberg donne une idée de l’ampleur possible. Identifié en novembre 2011 en Allemagne, ce virus s’est révélé en France pendant l’hiver 2011-2012, avec les naissances d’animaux malformés. Au 31 mai 2012, des formes congénitales étaient confirmées dans 1 129 élevages ovins (2 % des exploitations), puis dans 2 019 élevages bovins (1 %) au 31 août, d’après une réponse du ministère à l’Assemblée nationale. Pas une catastrophe nationale. Un coup dur pour les élevages touchés, oui. Si le virus Shamonda suit la même pente, c’est aux vêlages de l’hiver 2026-2027 qu’on mesurera les dégâts des avortements bovins.
Un avortement dans le troupeau : déclarer, faire analyser, tout noter
Premier réflexe, qui ne dépend pas du Shamonda : un avortement se déclare. Le code rural (article L. 223-5) oblige tout propriétaire ou détenteur qui en constate un à le déclarer immédiatement à un vétérinaire sanitaire, rappelle l’instruction technique de la DGAL du 12 août 2026. Le but : surveiller la brucellose, dont la France est officiellement indemne. La définition est large : fœtus expulsé, veau mort-né ou mort dans les 48 heures après sa naissance.
Bonne nouvelle pour la trésorerie : la visite du vétérinaire sanitaire, les prélèvements et les analyses bactériologiques sont intégralement pris en charge par l’État. Le ministère insiste, vague de Shamonda ou pas, sur la recherche de brucellose après chaque avortement.
Le virus Shamonda, lui, n’est pas recherché en première intention. Votre vétérinaire écarte d’abord les causes fréquentes ; si elles sont négatives, une PCR peut être faite sur l’encéphale et la rate de l’avorton, ou à défaut sur le placenta. Comptez environ 40 € HT, selon le GDS du Cantal. La maladie n’étant pas réglementée, rien n’indique que ce test soit pris en charge comme la brucellose : demandez à votre GDS avant.
Ensuite, notez tout : retours en chaleur, inséminations ratées, vaches vides, veaux chétifs. Le ministère demande aussi de faire examiner les veaux nouveau-nés qui présentent des signes cliniques. Un veau malformé mort à la naissance compte comme un avortement, il se déclare donc. S’il ne part pas au laboratoire, son corps rejoint l’équarrissage dans les délais habituels.
Pas de vaccin : limiter les piqûres de culicoïdes
Il n’existe ni vaccin ni traitement capable d’éliminer le virus, et aucun abattage n’est imposé. Le Shamonda ne figure pas parmi les maladies catégorisées par la législation européenne sur la santé animale, et l’Organisation mondiale de la santé animale ne le réglemente pas : aucune mesure officielle de surveillance ou de lutte, aucune restriction de mouvement. Les règles sanitaires de base d’un élevage s’appliquent, elles, comme d’habitude.
Le revers ? Personne ne compte précisément les élevages touchés, et chaque analyse reste à la charge de quelqu’un. Qui paie quoi face aux maladies vectorielles, c’est l’angle mort relevé après les Assises du sanitaire animal.
Reste la lutte contre le vecteur. Le ministère recommande d’éliminer les sites de ponte des culicoïdes (effluents liquides, eaux stagnantes) et de désinsectiser les moyens de transport. Le GDS du Cantal traduit : bâcher les fumiers, retourner les seaux, retirer les vieux pneus, mettre les mares en défens.
Les culicoïdes piquent surtout à l’aube et au crépuscule. Rentrer les animaux à ces heures-là, quand c’est possible, et ventiler les bâtiments réduit l’exposition. La désinsectisation des animaux se raisonne au cas par cas (descente d’estive, achat, mélange de lots), en respectant doses et délais d’attente. Et la bétaillère se nettoie, se désinfecte et se désinsectise après chaque transport.
Soyons francs : ces mesures freinent la circulation sans l’arrêter. Ce sont celles de la FCO : rien de neuf à apprendre, tout à appliquer.
Premier cas humain : un patient très fragile, et ce que cela change (peu) pour vous
Les faits d’abord. Le patient, atteint d’une immunodépression sévère, était soigné aux Hospices civils de Lyon pour une pathologie grave. Il est mort début octobre. C’est la première détection documentée du virus chez l’être humain, alors qu’il circule depuis des décennies en Afrique et en Asie sans cas humain connu. L’OMS et le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies ont été notifiés.
L’hypothèse retenue est une piqûre de culicoïde dans l’Est de la France. Selon le communiqué du 22 octobre, ses complications cérébrales seraient « très probablement liées » au virus, un tableau déjà vu chez des immunodéprimés avec un autre orthobunyavirus, l’Oropouche. Les autorités précisent toutefois, d’après Réussir, que l’enquête n’a pas permis d’affirmer un lien immédiat entre l’infection et le décès.
Pour les éleveurs, le message est net. Le patient n’était ni éleveur ni agriculteur, sans lien immédiat avec des bovins. Le directeur général de la santé, Grégory Emery, affirme qu’aucun élément épidémiologique ne laisse penser que le virus passe de l’animal à l’humain, ni d’un humain à l’autre. Aucun risque n’est identifié pour la population générale.
Et dans l’assiette ? Aucune donnée scientifique ne documente une transmission par la viande, le lait ou les produits dérivés, indique le ministère ; les produits d’animaux malades sont de toute façon exclus de la consommation.
Foire aux questions
Le virus Shamonda est-il dangereux pour l’homme ?
Un seul cas humain est connu au monde : un patient très immunodéprimé soigné à Lyon, mort début octobre 2026, probablement piqué par un moucheron. Les autorités n’identifient aucun risque pour la population générale, et rien ne suggère une transmission de l’animal à l’humain ou entre humains.
Peut-on consommer le lait et la viande d’un élevage touché ?
Selon le ministère de l’Agriculture, aucune donnée scientifique ne documente une transmission par la viande, le lait ou les produits dérivés. Comme pour toute maladie, les produits d’animaux malades sont exclus de la consommation, et aucune mesure officielle ne vise la collecte du lait.
Existe-t-il un vaccin contre le virus Shamonda ?
Non, et aucun traitement n’élimine le virus chez l’animal. La prévention repose sur la lutte contre les culicoïdes : suppression des eaux stagnantes, fumiers bâchés, animaux rentrés à l’aube et au crépuscule si possible, transports désinsectisés.
Faut-il déclarer le Shamonda dans son élevage ?
L’infection n’est pas réglementée, donc pas à déclaration obligatoire. En revanche, tout avortement doit être déclaré immédiatement au vétérinaire sanitaire, au titre de la brucellose, avec visite et analyses payées par l’État. Signalez aussi les malformations à votre vétérinaire.
Sources
- Ministère de l’Agriculture, « Cas d’infections de vaches laitières par un orthobunyavirus », 22 octobre 2026.
- Ministère de l’Agriculture et ministère chargé de la santé, « Virus Shamonda : une première détection chez l’être humain », 22 octobre 2026.
- DGAL, instruction technique DGAL/SDSBEA/2026-485 du 12 août 2026 (brucellose bovine et avortements).
- INRAE, « Détection d’un nouvel orthobunyavirus chez des vaches », 2026.
- École nationale vétérinaire de Toulouse, « Émergence d’un nouvel Orthobunyavirus de type Shamonda », 4 août 2026.
- Eurosurveillance (ECDC), « Detection of a novel Shamonda Orthobunyavirus in dairy cattle, France, June 2026 », 20 août 2026.
- AGES (Autriche), fiche « Shamonda virus ».
- Assemblée nationale, question écrite n° 18277, JO du 22 septembre 2026.
- Assemblée nationale, question écrite n° 12390 et réponse sur le virus de Schmallenberg.
