Les Assises du sanitaire animal se sont refermées le 13 octobre 2026, et la ministre de l’Agriculture, Annie Genevard, en a tiré trois chantiers : une gouvernance resserrée, une doctrine de financement censée dire qui paie quoi et un outil, les programmes sanitaires d’intérêt collectif (PSIC). Vous élevez vingt brebis, trois chèvres ou une basse-cour ? La question est simple : qu’est-ce que ça change pour le petit éleveur ?
Réponse honnête, après lecture du communiqué et du dossier de presse du ministère : pas grand-chose de précis pour l’instant. Aucun de ces deux documents ne parle des particuliers, des basses-cours ou des petites exploitations. Cet article fait donc le tri entre ce qui est décidé, ce qui est seulement annoncé et ce qui reste à écrire.
Assises du sanitaire animal : ce qui a été présenté le 13 octobre
Les Assises du sanitaire animal ont été lancées le 30 janvier 2025, après un premier diagnostic conduit dès décembre 2024 avec le Conseil général de l’alimentation, de l’agriculture et des espaces ruraux (CGAAER). Pendant plus d’un an et demi, huit groupes de travail ont réuni l’État, les vétérinaires et les filières d’élevage. Selon Réussir, la ministre a présenté ses orientations le matin même devant le CNOPSAV, le Conseil national d’orientation de la politique sanitaire animale et végétale, que le ministère surnomme le « Parlement du sanitaire ».
Le communiqué du ministère de l’Agriculture résume l’ambition des Assises du sanitaire animal en trois blocs : une gouvernance sanitaire animale rénovée, un partage clarifié des responsabilités entre l’État et les professionnels, et les PSIC. Le dossier de presse, lui, détaille les huit chantiers et donne des chiffres. C’est la seule base fiable : le reste dépendra de textes qui n’existent pas encore.
Un détail mérite d’être relevé. Au lancement, la page officielle des Assises promettait la signature de « contrats sanitaires de filières » d’ici à la fin de 2025. En octobre 2026, le dossier de presse se contente d’inviter les filières à « construire » ces contrats. Le calendrier a glissé, et aucune date de signature n’est donnée.
FCO, MHE, grippe aviaire, DNC : pourquoi le système bouge
Pour justifier les Assises du sanitaire animal, le ministère part d’un constat. À la fin des années 1990, la France avait gagné le statut indemne pour la tuberculose bovine, la brucellose ou la fièvre aphteuse, et les épizooties ne surgissaient que tous les 5 à 10 ans. Cette période est « révolue », écrit le dossier de presse. Depuis la fin des années 2010, les crises sanitaires s’enchaînent.
La liste fait mal. L’influenza aviaire hautement pathogène a provoqué 5 épizooties majeures en 10 ans, dont la pire en 2021-2022 avec 1 400 foyers. Les ruminants subissent la maladie hémorragique épizootique (MHE) et la fièvre catarrhale ovine (FCO), dont un nouveau sérotype est apparu en France en 2024. La dermatose nodulaire contagieuse (DNC) a frappé les bovins en 2025 : 117 foyers entre le 29 juin 2025 et le 2 janvier 2026, aucun depuis. Et la fièvre aphteuse réapparaît en Europe, ce qui concerne aussi les ovins et les caprins.
Le ministère attribue cette accélération au changement climatique et à l’intensification des échanges mondiaux. Les outils de détection progressent, y compris du côté de l’intelligence artificielle appliquée à la santé animale. Mais ils ne règlent pas la question de fond, celle que les Assises du sanitaire animal devaient trancher : qui finance la prévention quand les crises se succèdent ?
Qui paie quoi : la nouvelle doctrine de financement
C’est le cœur des annonces des Assises du sanitaire animal. La doctrine tient en quelques lignes du communiqué, qu’il vaut mieux lire de près :
- la prévention reste « de la responsabilité première des éleveurs » ;
- l’État prend en charge la lutte et « certains pans de la surveillance », au nom de ses missions régaliennes ;
- quand une nouvelle mesure de prévention devient obligatoire, l’État peut l’accompagner temporairement, « dans un premier temps » ;
- l’État continuera à indemniser les éleveurs dont l’élevage est déclaré foyer.
La répartition dépendra de la catégorie de la maladie, du niveau de risque et de l’objectif : prévention, surveillance, lutte ou indemnisation des pertes indirectes. La catégorie, c’est celle de la loi de santé animale européenne, le règlement (UE) 2016/429, complétée par l’arrêté du 3 mai 2022 qui liste les maladies réglementées d’intérêt national. Ce règlement classe les maladies de A (éradication immédiate) à E (simple surveillance), rappelle une note d’analyse du ministère.
L’exemple choisi par la ministre est parlant. La vaccination des canards contre l’influenza aviaire, obligatoire depuis 2023, coûte de l’ordre de 100 millions d’euros par an selon le dossier de presse. L’État en a payé 85 % pour la campagne 2023-2024, puis 70 % en 2024-2025. Ensuite, il ne garde que la supervision de la vaccination et la surveillance active après vaccination, soit environ 25 millions d’euros. Le communiqué l’écrit sans détour : cette vaccination est « aujourd’hui entièrement payée par les éleveurs ».
Voilà le modèle : un accompagnement public au démarrage, puis la facture qui bascule vers la profession. Le résultat sanitaire, d’après le ministère : environ 170 millions de canards vaccinés depuis 2023 et quelques dizaines de foyers en élevage, contre des centaines avant. Pour qui calcule la rentabilité d’un élevage de canards gras, cette charge pèse désormais sur l’éleveur.
L’autre face, c’est la lutte. Pour la DNC, le dossier chiffre 18 millions d’euros d’indemnisations versées aux éleveurs foyers et 34,40 millions d’euros de vaccination dans les foyers pris en charge par l’État.
Et la FCO, la MHE ? C’est le point faible du texte. Ni le communiqué ni le dossier ne disent qui paiera demain les vaccins contre ces deux maladies, ni comment seront indemnisées les pertes. Elles servent de toile de fond, pas d’exemple. Pour ces deux maladies, le financement sanitaire, élevage par élevage, reste une page blanche.
PSIC, FMSE, GDS : faire financer la prévention par les filières
Reste le financement sanitaire : élevage par élevage, ou mutualisé par filière ? Le communiqué cite plusieurs canaux de collecte possibles : les interprofessions, les groupements de défense sanitaire (GDS), le Fonds national agricole de mutualisation du risque sanitaire et environnemental (FMSE) et les PSIC.
Les PSIC existent depuis 2021, d’après le dossier de presse. Le principe : sur une aire géographique donnée, gérer collectivement une maladie animale en mutualisant les coûts. La ministre s’est engagée à finaliser leur cadre réglementaire, par décret. Les professionnels, eux, doivent « trouver une organisation » et la soumettre au CNOPSAV. Autrement dit, la balle est dans le camp des filières.
Deuxième annonce : la « volonté » d’étendre le champ du FMSE aux actions de prévention et de surveillance. Le mot compte. C’est une intention, pas une décision, avec deux conditions : une gouvernance partagée, conforme aux orientations définies, et l’absence d’incidence sur les finances publiques. En clair, cette extension ne doit rien coûter à l’État.
Elle passerait par l’ordonnance prévue à l’article 41 de la loi d’urgence pour la protection et la souveraineté agricoles, promulguée le 18 août 2026. Ce texte habilite le gouvernement à revoir par ordonnance la répartition des rôles et du financement ou la place du vétérinaire « sentinelle ».
Gouvernance sanitaire animale : qui décide, qui exécute
Pour la gouvernance sanitaire animale, la ministre veut simplifier. Le CNOPSAV est conforté comme lieu de concertation et de décision stratégique. En dessous, un comité opérationnel de santé animale sera créé pour appliquer cette stratégie, appuyé par deux autres comités : l’un scientifique, l’autre rassemblant les financeurs des programmes sanitaires. La même architecture vaudra pour les filières végétales.
Le dossier de presse distingue deux régimes. En temps de paix, le CNOPSAV plénier construit une vision stratégique, approche « Une seule santé » comprise, et pourra être consulté sur les PSIC couvrant plusieurs régions. En temps de crise, ses sections « santé animale » et « santé végétale » deviennent un espace de concertation. Tout cela passera par des décrets.
Cette gouvernance sanitaire animale descend aussi jusqu’à la ferme. Les vétérinaires sanitaires reçoivent désormais une contribution de l’État au coût de la surveillance des troupeaux : 10,60 millions d’euros dans la loi de finances 2026 et un arrêté ministériel de juillet 2026 dit « vétérinaire sentinelle ». Une nouvelle visite sanitaire est expérimentée en élevage bovin, avec un objectif : l’élargir à toutes les espèces d’animaux de rente en 2028.
Les missions que l’État délègue aux GDS et aux organisations vétérinaires seront revues par circulaires. Pour situer ces acteurs, notre guide de la réglementation de l’élevage agricole pose les bases.
Petit éleveur de volailles, de moutons ou de chèvres : ce qui change vraiment
Soyons francs. Le communiqué et le dossier de presse des Assises du sanitaire animal ne contiennent aucune mesure propre aux petites exploitations, aux basses-cours familiales ou aux particuliers qui gardent quelques brebis. Les mots « particulier », « basse-cour » et « détenteur » n’y figurent pas ; côté volailles, il n’est question que des filières avicoles et des canards. Pour un petit éleveur, les effets seront donc indirects, et pour la plupart encore à venir. Voici ce qui, dans ces textes, peut vous toucher :
- la prévention relève d’abord des éleveurs, et rien ne prévoit de régime à part pour les petits troupeaux ;
- l’indemnisation des foyers continue, sans précision sur les détenteurs non professionnels ;
- la visite sanitaire élargie à toutes les espèces de rente en 2028 concernerait ovins, caprins et volailles, sans seuil ni coût annoncé ;
- si la prévention passe par les GDS, les interprofessions ou le FMSE, la question des contributions demandées aux éleveurs se posera, et aucun montant n’est donné ;
- 6 millions d’euros sur trois ans financent une surcapacité d’équarrissage, ouverte aussi aux associations ATM (« animaux trouvés morts ») lors d’un pic de mortalité.
Un point rassurera les détenteurs de canards de basse-cour. La vaccination contre l’influenza aviaire, celle dont la facture revient aux éleveurs, ne les visait pas. La fiche du ministère d’octobre 2024 limitait l’obligation aux élevages de plus de 250 canards dont les produits sont commercialisés, et la vaccination restait proscrite pour les canards de basse-cour. Les Assises du sanitaire animal ne disent rien de nouveau sur ce périmètre.
Pour un petit éleveur de chèvres ou de brebis, le calcul reste celui d’hier, avec une incertitude en plus. Si vous travaillez la rentabilité d’un élevage de chèvres laitières ou celle d’un troupeau de brebis laitières, gardez une ligne « sanitaire » souple : le partage entre État et éleveurs pour la FCO ou la MHE n’est pas tranché. Même chose pour un poulailler de quatre poules au fond du jardin : rien ne bouge aujourd’hui.
Que faire en attendant ? Repérer votre GDS départemental et votre vétérinaire sanitaire, que ces annonces placent au centre du dispositif. Puis surveiller les décrets sur les PSIC : c’est là que se jouera la question des cotisations, donc le vrai coût pour un petit éleveur.
Décidé, annoncé, à venir : le tri
Dans les annonces des Assises du sanitaire animal, tout n’a pas le même poids.
Décidé ou déjà en place : la contribution de l’État à la surveillance par les vétérinaires sanitaires (loi de finances 2026, arrêté de juillet 2026), l’enveloppe d’équarrissage, la loi d’urgence du 18 août 2026 qui ouvre la voie aux ordonnances, et la fin de la prise en charge publique de la vaccination des canards, hors supervision et surveillance.
Annoncé, sans texte à ce jour : les principes de la doctrine de financement, le rôle conforté du CNOPSAV dans la gouvernance sanitaire animale, le comité opérationnel et ses deux comités d’appui, la volonté d’étendre le FMSE.
À venir : les décrets sur les PSIC et la gouvernance, l’ordonnance, les contrats sanitaires de filières, les circulaires sur les missions déléguées, la feuille de route vaccinale et la visite sanitaire toutes espèces visée pour 2028. Le communiqué le reconnaît : les travaux « se poursuivront dans les prochains mois ».
Foire aux questions
Que sont les Assises du sanitaire animal ?
Une concertation lancée le 30 janvier 2025 par le ministère de l’Agriculture avec les services de l’État, les vétérinaires et les filières d’élevage, close le 13 octobre 2026. Huit groupes de travail y ont préparé l’évolution du système issu des États généraux du sanitaire de 2010.
Qui paiera les vaccins contre la FCO ou la MHE ?
Les documents publiés en clôture des Assises du sanitaire animal ne le disent pas. La doctrine pose des principes : la prévention revient d’abord aux éleveurs, l’État peut accompagner temporairement une nouvelle mesure obligatoire, et la répartition dépendra de la catégorie de la maladie. Les règles précises du financement sanitaire, élevage par élevage, viendront des décrets et de l’ordonnance.
Un petit éleveur ou un particulier avec quelques poules est-il concerné ?
Pas directement. Aucune mesure ne vise les basses-cours dans le communiqué ni dans le dossier de presse. Pour la grippe aviaire, la vaccination obligatoire des canards visait les élevages commerciaux de plus de 250 animaux et restait proscrite en basse-cour, selon la fiche du ministère d’octobre 2024.
Qu’est-ce qu’un PSIC ?
Un programme sanitaire d’intérêt collectif, l’outil phare des Assises du sanitaire animal. Ce dispositif, qui existe depuis 2021 selon le ministère, permet de gérer collectivement une maladie animale sur une aire géographique donnée en mutualisant les coûts. Son cadre doit être finalisé par décret, et le CNOPSAV pourra être consulté sur les programmes couvrant plusieurs régions.
Sources
- Ministère de l’Agriculture : communiqué du 13 octobre 2026
- Ministère de l’Agriculture : dossier de presse des Assises du sanitaire animal
- Ministère de l’Agriculture : page des Assises
- Ministère de l’Agriculture : promulgation de la loi d’urgence agricole (19 août 2026)
- Ministère de l’Agriculture : vaccination contre l’influenza aviaire (octobre 2024)
- Ministère de l’Agriculture : mise en œuvre de la loi de santé animale
- EUR-Lex : règlement (UE) 2016/429
